Fazendo login no cluster

Normalmente, ao trabalhar com bioinformática, nós nos conectamos a um cluster computacional, como o que preparamos para este curso. Esses clusters fornecem recursos computacionais muito mais poderosos do que os computadores pessoais médios, permitindo-nos executar tarefas computacionais altamente complexas exigidas por algumas análises de bioinformática. Como podemos fazer o login no cluster disponibilizado para este curso?

Cluster computacional Superdome Flex

O Cluster computacional que iremos utilizar para o curso será o Superdome Flex. Ele apresenta 1 Blade com 768 Núcleos Intel(R) Xeon(R) Gold 6252 CPU @ 2.10GHz e 3 TB RAM. O endereço IP do cluster é 172.16.111.35 e deverá ser utilizado ao se fazer o login.

Usuários de Mac OS X e Linux

Fazendo o login

Se você estiver usando Mac OS ou Linux, você vai precisar primeiramente abrir um terminal e então digite ssh.

ssh significa secure shell e é o comando que permite interagir com servidores e computadores de forma remota. Você também deve ter recebido o seu nome de usuário no cluster nome_de_usuario Você vai logar no cluster usando o seguinte comando:

ssh nome_de_usuario@172.16.111.35

Após isso, você precisará digitar sua senha (também fornecida via email). Talvez você também preciso aceitar uma chave RSA, para fins de segurança. Nesse caso, apenas digite yes e você terá logado no nosso cluster Superdome Flex!

Diretório para a parte prática do Workshop

Todas as nossas atividades serão feitas no diretório /mnt/gen/temp/workshop_montagem_gbb/. Então assim que você fizer o login, vá para o diretório mencionado anteriormente e liste o conteúdo:

cd /mnt/gen/temp/workshop_montagem_gbb/
ls

Dê uma olhada nas subpastas presentes. Viu que tem uma pasta chamada alunos? Entre nela e em seguida crie uma pasta com o seu nome:

cd /mnt/gen/temp/workshop_montagem_gbb/alunos
mkdir <seu_nome>

Pronto! É nessa pasta que todas as suas análises devem ser feitas. Vamos considerar que essa pasta que você criou seja o seu “home”.

Baixando e subindo arquivos para o cluster com o comando scp

Ocasionalmente, precisaremos transferir arquivos entre o cluster e nossos computadores locais. Para fazer isso, podemos usar um comando chamado scp ou secure copy. Ele funciona de forma semelhante ao ssh. Vamos tentar criar um arquivo fictício em nosso diretório pessoal local e, em seguida, carregá-lo em nosso diretório pessoal no cluster.

# crie um arquivo fictício
touch arquivo_teste
# faça o upload para o custer
scp arquivo_teste <nome_de_usuario>@<172.16.111.35>:~/

No comando acima, nós simplesmente estamos copiando um arquivo (arquivo_teste) para o cluster. Após o símbolo :, estamos especificando para onde no cluster estamos copiando o arquivo. No comando nós utililzamos ~/ para especificar o diretório home do usuário.

A cópia de arquivos de volta para o computador local também é simples. Se quisermos copiar o arquivo que acabamos de carregar no servidor de volta para o computador local, precisaremos executar o mesmo comando scp, mas agora trocando a ordem dos diretórios local e do servidor:

# download `test_file` from server to local current working directory (.)
scp <nome_de_usuario>@<172.16.111.35>:~/arquivo_teste ./

Usuários Windows

Fazendo o login

Se estiver usando um computador Windows, será necessário fazer login usando o MobaXterm, pois ainda não há um cliente ssh nativo. Depois de instalá-lo, abra o MobaXterm e:

  1. Inicie um novo terminal SSH (1 e 2);
  2. Adicione o endereço do host (3) - que é o endereço IP 172.16.111.35 - e seu nome de usuário (4);
  3. Depois de adicionar as informações anteriores, pressione “OK” para se conectar ao servidor.

Baixando e subindo arquivos para o cluster com o Filezilla

O Filezilla é um software útil para mover arquivos de um servidor remoto.

Abra o Filezilla, digite o endereço IP 172.16.111.35 e o nome de usuário. Quando você pressionar Enter, ele deverá conectá-lo. Da próxima vez, você poderá usar o menu suspenso “Conexão rápida”, desde que o endereço IP não tenha sido alterado nesse meio tempo.

Agora você verá o sistema de diretório de arquivos (pastas) no seu computador local à esquerda e as pastas no cluster Superdome à direita. Agora você pode simplesmente arrastar e soltar arquivos de um lado para o outro.